ماده 39- نگهداری پسماندهای پزشکی باید جدا از سایر پسماندهای عادی انجام شود.

ماده 40- محل ذخیره و نگهداری موقت باید در داخل مرکز تولید زباله طراحی شود.

ماده 41- جایگاه نگهداری پسماند باید دارای شرایط زیر باشد: الف- پسماندهای پزشکی باید در محل به دور از تأثیر عوامل جوی نگهداری شوند و وضعیت کلی بسته‌بندی یا ظرف آن ها در برابر شرایط نامساعد آب و هوایی مثل باران، برف، گرما، تابش خورشید و نظایر آن محافظت شود. ب- جایگاه های نگهداری پسماندها باید به‌گونه‌ای ساخته شوند که نسبت به رطوبت نفوذناپذیر بوده و قابلیت‌ نگهداری آسان با شرایط بهداشتی مناسب را فراهم آورد. پ- جایگاه‌های نگهداری باید دور از محل خدمت کارکنان، آشپزخانه، سیستم تهویه و تبرید و محل رفت‌وآمد پرسنل، بیماران و مراجعان باشد. ت- ورود و خروج حشرات، جوندگان، پرندگان و... به محل نگهداری پسماندها ممکن نباشد. ث- محل نگهداری پسماند باید دارای تابلوی گویا و واضح باشد. ج- محل نگهداری نباید امکان فساد، گندیدن با تجزیه زیستی پسماندها را فراهم کند. چ- انبارداری این پسماندها نباید به شیوه‌ای باشد که ظروف یا کیسه‌ها پاره و محتویات آن ها در محیط رها شود. ح- امکان کنترل دما در انبار نگهداری و نیز نور کافی وجود داشته باشد. خ- سیستم تهویه مناسب با کنترل خروجی وجود داشته باشد. سیستم تهویه آن کنترل شود و جریان‌ هوای طبیعی از آن به بخشهای مجاور وجود نداشته باشد. د- امکان تمیز کردن و ضدعفونی محل و آلودگی‌ زدایی وجود داشته باشد. ذ- فضای کافی در اختیار باشد تا از روی هم‌ریزی پسماند جلوگیری شود. ر- دارای سقف محکم و سیستم فاضلاب مناسب باشد. ز- دسترسی و حمل‌ونقل پسماند آسان باشد. س- امکان‌ بارگیری با کامیون، وانت و سایر خودروهای باربری وجود داشته باشد. ش- انبار دارای ایمنی مناسب باشد. ص- محل بایستی مجهز به سیستم آب گرم و سرد و کف‌شوی باشد. ض- چنانچه بی‌خطرسازی در محل اتاقک نگهداری تولید انجام می‌شود باید فضای کافی برای استقرار سیستم‌های مورد نظر در محل نگهداری پسماند فراهم باشد.

ماده 42- محل نگهداری برای واحد کوچک می‌تواند شامل سطل های دارای سیستم حفاظتی واقع در این محل امن باشد.

ماده 43- بازدید از محل به منظور جلوگیری از نشت و با ایجاد عفونت توسط تولیدکننده صورت پذیرد.

ماده 45- در صورت عدم وجود سیستم سردکننده، زمان نگهداری موقت (فاصله زمانی بین تولید و تصفیه یا امحا) نباید از موارد زیر تجاوز کند: الف- شرایط آب و هوایی معتدل: 72 ساعت در فصل سرد و 48 ساعت در فصل گرم. ب- شرایط آب و هوایی گرم: 48 ساعت در فصل سرد و 24 ساعت در فصل گرم.

ماده 46- انواع پسماندهای پزشکی ویژه باید جدا از یکدیگر در محل نگهداری شوند و محل نگهداری هر نوع پسماند باید با علامت مشخصه تعیین شود. به‌خصوص پسماندهای عفونی، سیتوتوکسیک، شیمیایی، رادیواکتیو به هیچ‌وجه در تماس با یکدیگر قرار نگیرند.