ماده۵‌ـ ماخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات، در مورد مؤدیان عضو سامانه مؤدیان، ارزش فروش مندرج در صورتحساب الکترونیکی است که توسط آنان در سامانه مزبور ثبت شده است. تبصره۱ـ ماخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات در مورد مؤدیانی که عضو سامانه مؤدیان نیستند و نیز مؤدیان متخلف موضوع ماده‌(۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، ارزش روز کالا یا خدمت در زمان تعلق می‌باشد که توسط سازمان بر اساس اطلاعات موجود در سامانه مؤدیان، استعلام از مراجع ذی‌صلاح یا تعیین کارشناس یا هیات کارشناسی مشخص می‌شود. همچنین سازمان می‌تواند برای تعیین ماخذ مشمول مالیات مؤدیان مزبور، از دفاتر، اسناد و مدارک (اعم از ‏الکترونیکی یا غیرالکترونیکی) آنها استفاده نماید. مؤدی مکلف است دفاتر، اسناد و مدارک مذکور را در صورت درخواست ماموران مالیاتی، کارشناس یا هیات کارشناسی به آنان ارائه کند. تبصره۲ـ موارد زیر جزء ماخذ محاسبه مالیات و عوارض نمی‌باشد:‏ الف‌ـ انواع تخفیفات اعطائی؛ ب‌ـ مالیات و عوارض موضوع این قانون که قبلاً توسط عرضه‌کننده کالا یا ارائه‌دهنده خدمت ‏پرداخت شده است؛ پ‌ـ سایر مالیات‌های غیرمستقیم و عوارضی که به موجب قوانین موضوعه هنگام عرضه کالا ‏یا ارائه خدمت به آن تعلق گرفته است؛ ت‌ـ وجوهی که به موجب سایر قوانین وصول می‌شود و به حساب درآمد عمومی یا به حساب درآمد شهرداری‌ها واریز می‌گردد؛ ث‌ـ کمک‌های پرداختی شهرداری‌ها و دهیاری‌ها به سازمان‌های غیرانتفاعی وابسته به خود طبق قوانین ‏و مقررات موضوعه، مشروط به آنکه مالیات متعلقه به عنوان بخشی از آن احتساب نشده ‏باشد؛ ج‌ـ یارانه پرداختی دولت بابت جبران تمام یا قسمتی از قیمت کالاها و خدمات مشمول قیمت‌گذاری؛ ‏مشروط به آنکه مالیات فروش به‌عنوان بخشی از آن احتساب نشده باشد. چ‌ـ وجوهی که از ردیفهای بودجه‌ای مصوب دستگاهها بین شرکتهای تابعه در قوانین بودجه سنواتی جابه‌جا می‌شود مشروط بر آنکه بابت خرید یا فروش کالا و خدمات نباشد.

ماده۶‌ـ ماخذ محاسبه مالیات و عوارض واردات کالا،‌ مجموع ارزش گمرکی (موضوع ماده‌(۱۴) قانون امور گمرکی مصوب ۲۲/۸/۱۳۹۰) و حقوق ‏ورودی (حقوق گمرکی و سود بازرگانی) می‌باشد. مالیات و عوارض مذکور جزء حقوق ورودی محسوب نمی‌شود.

ماده۷‌ـ نرخ مالیات و عوارض کالاها و خدمات مطابق با ماخذ موضوع ماده‌(۵) این قانون، به‌استثنای کالاهای خاص که نرخ آنها در ماده‌(۲۶) این قانون تصریح شده، نه‌درصد (۹%) می‌باشد.

ماده۸‌ـ مالیات و عوارضی که مؤدیان برای خرید کالاها و خدمات مورد نیاز برای انجام فعالیت‌های اقتصادی ‏خود پرداخت می‌کنند، به عنوان اعتبار مالیاتی آنان منظور شده‌ و از مالیات و عوارض فروش آنها کسر می‌شود.‏ در صورتی که جمع اعتبار مالیاتی مؤدی در هر دوره مالیاتی بیشتر از مالیات و عوارض فروش وی باشد، سازمان موظف است‌ مبلغ مازاد را به دوره‌ و یا دوره‌های بعد منتقل نماید. در صورتی که مؤدی درخواست کند که مازاد مزبور به وی مسترد گردد، سازمان موظف است حداکثر ظرف یک‌ماه از تاریخ ثبت درخواست، نسبت به استرداد ما‌به‌التفاوت مذکور از محل وصولی‌های جاری اقدام نماید، در غیر این صورت، مشمول خسارتی ‏به میزان دودرصد(۲%) در ماه از تاریخ ثبت درخواست نسبت به مبلغ قابل استرداد و مدت ‏تاخیر می‌باشد که توسط سازمان و از محل وصولی‌های جاری پرداخت می‌گردد.‏ متخلفین از اجرای این حکم با درخواست مؤدی و رای هیات رسیدگی به تخلفات اداری به مجازات بند «د» ماده‌(۹) قانون رسیدگی به تخلفات اداری مصوب ۷/۹/۱۳۷۲ محکوم می‌شوند. تبصره۱ـ مالیات و عوارض خرید نهاده‌های مربوط به طرحهای تملک دارایی‌های سرمایه‌ای (عمرانی) دولت قابل استرداد نیست و جزء بهای تمام شده دارایی‌های مزبور منظور می‌گردد. تبصره۲ـ در صورتی که مؤدی فقط به عرضه کالاها و ارائه خدمات معاف ‏اشتغال داشته باشد و یا طبق مقررات این قانون کالا و خدمات وی مشمول مالیات و عوارض نباشد، مالیات و عوارض پرداختی بابت خرید نهاده‌های آنها قابل تهاتر یا استرداد نمی‌باشد. تبصره۳ـ در صورتی که مؤدی به عرضه توام کالاها و خدمات مشمول و معاف اشتغال ‏داشته باشد، ‌صرفاً مالیات و عوارضی که بابت خرید نهاده‌های موردنیاز برای تولید کالاها و خدمات مشمول پرداخت کرده است، حسب مورد، قابل کسر، تهاتر یا استرداد است.‏ تبصره۴ـ صرف‌نظر از آنکه مؤدی به عرضه کالاها و خدمات معاف یا مشمول اشتغال داشته باشد، مالیات وعوارض خرید مربوط به ماشین‌آلات خطوط تولید وی قابل کسر، تهاتر و استرداد می‌باشد. تبصره۵ـ آن قسمت از مالیات و عوارض پرداختی مؤدیان که طبق مقررات این قانون قابل تهاتر یا استرداد نیست، به عنوان هزینه‌های قابل قبول موضوع قانون مالیات‌های ‏مستقیم محسوب می‌شود. تبصره۶‌ـ سازمان مکلف است با رعایت تبصره‌های (۲) و (۴) این ماده‌مالیات و عوارض پرداختی واحدهای تولیدی یا معدنی دارای مجوز تاسیس را که در دوره‌های قبل از بهره برداری جهت خرید کالاها و خدمات مورد نیاز برای تاسیس و راه‌اندازی واحد موردنظر پرداخت کرده‌اند، مسترد نماید. تبصره۷‌ـ مالیات‌ و عوارضی که در موقع خرید کالاها و خدمات توسط شهرداری‌ها و دهیاری‌ها برای انجام وظایف و خدمات قانونی پرداخت می‌گردد، طبق مقررات این قانون قابل تهاتر و یا استرداد است. تبصره۸‌ـ مالیات و عوارض پرداخت‌شده توسط سفارتخانه‌ها، ماموریت‌های دیپلماتیک، پست‌های کنسولی، ماموران ‏دیپلماتیک و کارکنان اداری و فنی آنها که تبعه دولت جمهوری اسلامی ایران نمی‌باشند، به ‏شرط عمل متقابل و همچنین مالیات و عوارض پرداخت‌شده توسط دفاتر سازمان‌های بین‌المللی و اعضای آنان که مقیم جمهوری اسلامی ‏ایران می‌باشند (اتباع غیرایرانی)، با ارائه اسناد و مدارک مثبته، قابل استرداد است. نحوه استرداد به موجب دستورالعملی است که توسط وزارتخانه‌های امور خارجه و ‏امور اقتصادی و دارایی (سازمان) تصویب و ابلاغ می‌شود.