ماده۱۳‌ـ پس از راه‌اندازی سامانه مؤدیان، همه مشمولان این قانون موظفند به ترتیبی که سازمان مقرر و اعلام می‌کند، در سامانه مزبور ثبت نام نموده و معاملات خود را در آن ثبت نمایند. ثبت معاملات (خرید و فروش) در سامانه مؤدیان، به منزله ثبت در دفاتر قانونی است. تا آن زمان، ترتیبات ثبت‌نام، نحوه ارائه اظهارنامه‌های مالیاتی و رسیدگی به آنها حسب مقررات قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۷/۲/۱۳۸۷ و اصلاحات بعدی آن است. در سایر موارد، مفاد این قانون جاری است.

ماده۱۴‌ـ چنانچه سازمان در مهلت مقرر در قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان نتواند سامانه مؤدیان را مستقر کند، مکلف است رسیدگی به اظهارنامه مؤدیان موضوع این قانون را که بعد از اتمام مهلت مزبور به سازمان تسلیم می‌شود، صرفاً به میزانی که در تبصره این ماده‌آمده است، محدود نموده و سایر اظهارنامه‌ها را بدون رسیدگی قبول نماید. تبصره‌ـ بعد از استقرار سامانه مؤدیان سازمان مجاز است حداکثر یک‌درصد(۱%) از پرونده‌های مالیاتی مؤدیان عضو سامانه مؤدیان را با اولویت مؤدیان بزرگ مورد رسیدگی قرار دهد. چگونگی انتخاب مؤدیانی که پرونده آنها باید مورد رسیدگی قرار گیرد، در دستورالعملی که با پیشنهاد سازمان به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد، معین می‌شود. سازمان مکلف است تا پایان مهرماه هر سال فهرست اسامی مؤدیانی که مشمول رسیدگی قرار می‌گیرند را در سامانه عملیات الکترونیکی خود اعلام عمومی کند.

ماده۱۵‌ـ دستگاههای اجرائی موضوع ماده‌(۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده‌(۲۹) قانون برنامه ششم توسعه و سازمان‌های وابسته به آنها مکلف به ثبت معاملات خود در سامانه مؤدیان می‌باشند. وزارت صنعت، معدن و تجارت موظف است ترتیبی اتخاذ کند که اطلاعات معاملات ثبت‌شده در سامانه تدارکات الکترونیکی دولت موضوع تبصره (۵) ماده‌(۱۶۹) قانون مالیات‌های مستقیم عیناً و به‌صورت برخط به سامانه مؤدیان منتقل شود.

ماده۱۶‌ـ ارائه اسناد، دفاتر و مدارک، ثبت قراردادهای پیمانکاری و معاملات و اطلاعات نیروهای مسلح و وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و سایر دستگاههای انتظامی، اطلاعاتی و امنیتی در سامانه مؤدیان موضوع تبصره (۳) ماده‌(۴)، تبصره (۱) ماده‌(۵) و مواد (۱۳) و (۱۵) این قانون و همچنین سایر اقلام محرمانه در سامانه مذکور با رعایت ملاحظات امنیتی، مطابق دستورالعملی است که توسط وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی (سازمان)، اطلاعات و دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح و ستاد کل نیروهای مسلح تهیه می‏شود و حداکثر شش‏ماه پس از لازم ‏الاجراءشدن این قانون به تصویب شورای امنیت کشور می‌رسد.

ماده۱۷‌ـ مؤدیان مکلفند مالیات و عوارض فروش موضوع این قانون را از خریدار یا کارفرما وصول کنند و پس از کسر مالیات و عوارض پرداختی، مطابق مقررات به حساب‌ سازمان واریز نمایند. تبصره۱ـ سازمان می‌تواند تمام یا برخی از مؤدیان مشمول این قانون یا مشتریان آنها را مکلف کند مالیات و عوارض متعلقه را همزمان با صدور صورتحساب به حساب سازمان واریز نمایند. آیین‌نامه اجرائی این تبصره، مشتمل بر فهرست مؤدیانی که مشمول این حکم می‌شوند و نحوه پرداخت مالیات و عوارض متعلقه با پیشنهاد سازمان، به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد. مالیات و عوارضی که به این ترتیب به سازمان پرداخت می‌شود، به حساب بستانکاری فروشنده منظور می‌شود و برای خریدار، در صورتی که مصرف‌کننده نهائی نباشد، اعتبار مالیاتی به‌حساب می‌آید. تبصره۲ـ گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است مالیات و عوارض کالاهای وارداتی را در زمان ترخیص قطعی و مالیات و عوارض کالاهای متروکه را قبل از ترخیص نهائی وصول و به‌صورت برخط به حساب سازمان واریز کند. گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است ضمن درج اطلاعات پرداخت در پروانه‌های ‏گمرکی و یا فرمهای مربوط، امکان دسترسی برخط سازمان به پایگاههای اطلاعاتی ذی‌ربط را ‏فراهم نماید.‏ گمرک مکلف است در «ورود موقت» و «ورود موقت برای پردازش»، تضمینات لازم را بر اساس مقررات تبصره ماده‌(۵۳) قانون امور گمرکی اخذ کند. تبصره۳ـ واردکنندگان کالا از مناطق آزاد تجاری‌ـ صنعتی به سرزمین اصلی مکلفند کالاهای مزبور را به گمرک اظهار نمایند. گمرک موظف است از قسمتی از کالاهای اظهار شده که به‌موجب بند «ب» ماده‌(۶۵) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب ۱۰/۱۱/۱۳۹۵، «تولید داخل» محسوب می‌شود، فقط مالیات و عوارض، و از قسمت باقی‌مانده که «کالای وارداتی» محسوب می‌شود، مالیات و عوارض و حقوق ورودی را دریافت و مالیات و عوارض آن را به حساب سازمان واریز کند. تبصره۴ـ واردکنندگان خدمت مکلفند با رعایت تبصره (۳) ماده‌(۱۰) این قانون، مالیات و عوارض متعلقه را محاسبه و طبق مقررات این قانون پرداخت نمایند. چنانچه محل ارائه خدمت و مصرف آن در خارج از کشور باشد، مشمول این حکم نمی‌باشند. تبصره۵ـ مالیات و عوارض آب، برق و گاز با توجه به مالیات و عوارض مندرج ‏در صورتحساب (قبوض)‏ مصرف‌کنندگان و همچنین نفت تولیدی(نفت خام، میعانات گازی و گاز طبیعی خام) و فرآورده‌های تولیدی و وارداتی، فقط یک‌بار در زمان فروش(صدور صورتحساب)، در انتهای زنجیره تولید و توزیع آنها توسط شرکتهای تابعه وزارت نفت (بابت پنج فرآورده اصلی و سوخت هوایی) و یا شرکتهای پالایش نفت (بابت سایر فرآورده‌ها) و شرکتهای گاز استانی و شرکتهای تابع ذی‌ربط وزارت نیرو و شرکتهای توزیع برق، آب و فاضلاب شهری و روستایی استانی بر مبنای قیمت فروش مصوب داخلی محاسبه، ثبت و وصول و پس از کسر اعتبارات مالیات و عوارض زنجیره مذکور به حساب سازمان نزد خزانه‌داری کل کشور واریز می‌شود. آیین‌نامه اجرائی این تبصره در خصوص نحوه ثبت مالیات و عوارض در دفاتر یا سامانه مؤدیان تعیین شرکتهای فعال در زنجیره قبل از انتهای زنجیره توزیع و فروش، نحوه انتقال اعتبارات مالیات و عوارض به انتهای زنجیره، رسیدگی، مطالبه، تهاتر، استرداد، وصول و واریز به‌حساب تعیین‌شده سازمان ظرف شش‌ماه پس از تصویب این قانون با پیشنهاد مشترک سازمان، شرکت ملی نفت ایران و توانیر به‌تصویب وزیران امور اقتصادی و دارایی، نفت و نیرو می‌رسد.

ماده۱۸‌ـ کلیه کارفرمایان موضوع ماده‌(۵) قانون مدیریت خدمات کشوری و ماده‌(۲۹) قانون برنامه ششم توسعه موظفند اطلاعات مربوط به قراردادهای پیمانکاری را حداکثر تا یک­ماه پس از انعقاد قرارداد در سامانه مؤدیان ثبت نمایند، در غیر این‌صورت، سازمان مکلف است با رعایت ماده‌(۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان اطلاعات ثبت شده توسط پیمانکاران در سامانه مذکور را مورد قبول کارفرما تلقی نماید.

ماده۱۹‌ـ وزیر امور اقتصادی و دارایی مجاز است با پیشنهاد سازمان مدت دوره مالیاتی را برای هر گروه از مؤدیان دو یا یک‌ماهه تعیین نماید؛ مشروط بر آنکه تغییرات مذکور حداقل سه‌ماه قبل از شروع دوره مالیاتی، از طریق سامانه مؤدیان، پایگاه اطلاع رسانی سازمان و حداقل یکی از روزنامه‌های کثیرالانتشار اطلاع‌رسانی عمومی شود. تبصره‌ـ در صورتی‌که شروع یا خاتمه فعالیت مؤدی در خلال یک دوره مالیاتی باشد، ‏زمان فعالیت مؤدی طی دوره مربوط، یک دوره مالیاتی تلقی می‌شود.‏

ماده۲۰‌ـ الف‌ـ سازمان می‌تواند برای اشخاص حقیقی که بیش از یک نوع واحد مشمول مالیات در یک مکان یا مکان‌های متعدد دارند، در سامانه مؤدیان کارپوشه واحد ایجاد کند. ب‌ـ مؤدیانی که دارای واحد مشمول مالیات در شعب متعدد هستند، مکلفند از یک کارپوشه واحد در سامانه مؤدیان استفاده کنند. پ‌ـ در مشارکت‌های مدنی، اعم از اختیاری و قهری، اشخاص حقیقی در هر واحد شغلی مکلفند ‏از بین خود یک نفر را به‌عنوان نماینده واحد شغلی انتخاب نمایند. کلیه تکالیف مالیاتی ‏واحد شغلی، از جمله ثبت‌نام و ثبت معاملات در سامانه مؤدیان و پرداخت مالیات توسط وی به ‏نمایندگی شرکا انجام می‌شود، در غیر این‌صورت، سازمان موظف است دسترسی واحد مزبور به سامانه مؤدیان را قطع و پایانه فروشگاهی آن را مسدود نماید. ت‌ـ برای مؤدیانی که مکان ثابت برای شغل خود ندارند، ‌محل سکونت آنان، از لحاظ امور مالیاتی ملاک اعتبار است. ‎در صورتی که مؤدی مکان‌های متعدد برای ‏سکونت خود داشته باشد، مکلف است یکی از آنها را برای انجام تکالیف مالیاتی معرفی ‏نماید، در غیر این‌صورت، سازمان یکی از مکانهای سکونت مؤدی را ‏برای انجام تکالیف مالیاتی انتخاب و به وی اعلام می‌کند.‏

ماده۲۱‌ـ در مورد اشخاص حقوقی که حکم به انحلال آنها داده شده است تا زمان ختم تصفیه، شخص حقوقی مزبور کماکان مؤدی ‏محسوب می‌شود و مدیر یا مدیران تصفیه مکلف به انجام تکالیف مقرر در این قانون می‌باشند.‏

ماده۲۲‌ـ در انتقال یک واحد صنفی، شخص دارنده واحد صنفی تا اتمام انتقال، مسؤولیت اجرای مقررات و تمامی تکالیف دوره‌های مالیاتی مربوط از جمله صدور صورتحساب، ثبت معاملات در سامانه مؤدیان و سایر تکالیف قانونی را برعهده دارد. خریدار مسؤولیتی در قبال تکالیف واحد صنفی قبل از اتمام انتقال ندارد؛ مگر اینکه به موجب سند رسمی این مسؤولیت را پذیرفته باشد. تبصره‌ـ انتقال‌دهنده باید حداکثر ظرف ده روز سازمان را نسبت به زمان اتمام فعالیت خود مطلع سازد. در صورت عدم اطلاع و شروع فعالیت توسط مؤدی جدید، در پرداخت مالیات و جریمه‌ها با وی مسؤولیت تضامنی خواهد داشت.