ماده 639 - اجرای احکام دادگاه های نظامی مطابق مقررات قانون آیین دادرسی کیفری به عهده دادسرای نظامی صادرکننده کیفرخواست است. در موارد احاله و عدم صلاحیت، اجرای احکام دادگاه ها، به ترتیب برعهده دادسرای مرجع محالٌ الیه و مرجع صالح به رسیدگی است.

ماده 640 - پس از قطعیت آرای دادگاه ها، قاضی اجرای احکام مکلف است خلاصه ای از رأی را به یگان مربوط ابلاغ نماید. تبصره - مفاد این ماده در مورد قرارهای نهایی دادسرا نیز توسط بازپرس لازم الاجرا است.

ماده 641 - علاوه بر موارد پیش بینی شده در قانون، در مورد محکومیت به مجازات های زیر، ایام بازداشت قبلی به شرح زیر محاسبه می شود: الف - کسر سه روز از مدت اضافه خدمت به ازای هر روز بازداشت قبلی ب - کسر چهار روز از مدت انفصال موقت از خدمت به ازای هر روز بازداشت قبلی پ - کسر پنج روز از مدت محرومیت از ترفیع به ازای هر روز بازداشت قبلی تبصره - در مورد محکومیت به کسر حقوق، احتساب ایام بازداشت قبلی، برابر مقررات مربوط به محکومیت به جزای نقدی است.

ماده 642 - اجرای دستورها و آرای لازم الاجرای دادگاه های نظامی در مورد اخذ وجه التزام، وجه الکفاله یا وثیقه و نیز جزای نقدی، وصول دیه، رد مال و یا ضرر و زیان ناشی از جرم و سایر عملیات مربوط از قبیل توقیف یا فروش اموال، در سازمان قضایی برعهده قاضی اجرای احکام است.