ماده 244 - مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده، هیأت حل اختلاف‌ مالیاتی است. هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد: ۱ – یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور. ۲ – یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته با شرط وثاقت و امانت. در صورتی که قاضی بازنشسته واجد شرایطی در شهرستانها یا مراکز استانها وجود نداشته باشد بنا به‌ درخواست سازمان امور مالیاتی کشور، رئیس قوه قضائیه یک نفر قاضی شاغل را برای عضویت هیأت معرفی خواهد نمود. (اصلاحی ۱۳۹۹/۹/۵) ۳ – یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی و صنایع و معادن یا اتاق تعاون یا جامعه حسابداران رسمی یا مجامع حرفه‌ای یا تشکل‌های صنفی یا شورای‌اسلامی شهر به انتخاب مؤدی در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا همزمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص در مهلت ‌قانونی مؤدی انتخاب خود را اعلام ننماید سازمان امور مالیاتی باتوجه به نوع فعالیت مؤدی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی از بین نمایندگان مزبور یک ‌نفر را انتخاب خواهد کرد. تبصره ۱ – جلسات هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی با حضور سه نفر رسمی است و رأی هیأت‌های مزبور با اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا است، ولی‌نظر اقلیت باید در متن رأی قید گردد. تبصره ۲ – اداره امور هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی و مسؤولیت تشکیل جلسات هیأت‌ها به عهده سازمان امور مالیاتی کشور می‌باشد و حق‌الزحمه ‌اعضاء هیأت‌های حل اختلاف براساس آیین‌نامه‌ای که بنا به پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی خواهد رسید از‌محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سازمان مذکور پیش‌بینی می‌شود قابل پرداخت خواهد بود.

ماده 245 - نمایندگان سازمان امور مالیاتی كشور عضو هیأت از بین كارمندان سازمان مذكور كه دارای حداقل ده سال سابقة خدمت بوده و لااقل شش سال آن را در امور مالیاتی اشتغال داشته و در امر مالیاتی بصیر و مطلع باشند انتخاب خواهند شد.

ماده 246 - وقت رسیدگی هیأت حل اختلاف مالیاتی در مورد هر پرونده، جهت حضور مؤدی یا نمایندة مؤدی و نیز اعزام نمایندة ادارة امور مالیاتی باید به آنها ابلاغ گردد. فاصله تاریخ ابلاغ و روز تشكیل جلسه هیأت نباید كمتر از ده روز باشد مگر به درخواست مؤدی و موافقت واحد مربوط. تبصره - عدم حضور مؤدی یا نمایندة مؤدی و نیز نمایندة اداره امور مالیاتی مربوط مانع از رسیدگی هیأت و صدور رأی نخواهد بود.

ماده 247 - آراء هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی بدوی قطعی و لازم‌الاجراء است. مگر این كه ظرف مدت بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی بر اساس ماده (۲۰۳) این قانون و تبصره‌های آن به مؤدی، از طرف مأموران مالیاتی مربوط یا مؤدیان مورد اعتراض كتبی قرار گیرد كه در این صورت پرونده جهت رسیدگی به هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر احاله خواهد شد. رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر قطعی و لازم‌الاجرا می‌باشد. تبصره ۱- مؤدی مالیاتی مكلف است مقدار مالیات مورد قبول را پرداخت و نسبت به مازاد بر آن اعتراض خود را در مدت مقرر تسلیم كند. تبصره ۲- نمایندگان عضو هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی نباید قبلاً نسبت به موضوع مطروحه اظهار نظر داشته یا رأی داده باشند. تبصره ۳- در صورتی كه رأی صادره هیأت بدوی از سوی یكی از طرفین مورد اعتراض تجدیدنظر خواهی قرارگرفته باشد در مرحله تجدیدنظر فقط به ادعای آن طرف رسیدگی و رأی صادر خواهد شد. تبصره ۴- آراء قطعی هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی به استثناء مواردی كه رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بدوی با عدم اعتراض مؤدی یا مأمور مالیاتی مربوط قطعیت می‌یابد برابر مقررات ماده (۲۵۱) این قانون قابل شكایت و رسیدگی در شورای عالی مالیاتی خواهد بود. تبصره ۵- سازمان امور مالیاتی كشور اجازه دارد شكایت كتبی مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی صادره تا تاریخ تصویب این ماده كه در مهلت قانونی به مرجع مالیاتی ذیربط تسلیم شده است را یك بار به هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی تجدیدنظر به منظور رسیدگی و صدور رأی مقتضی احاله نماید. تبصره ۶- در مواردی كه شكایت مؤدیان مالیاتی از آراء هیأت‌های بدوی از طرف هیأت حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر رد شود و همچنین شكایت از آراء هیأت‌های تجدیدنظر از طرف شعب شورای عالی مالیاتی مردود اعلام شود، برای هر مرحله معادل یك درصد (۱%) تفاوت مالیات موضوع رأی مورد شكایت و مالیات ابرازی مؤدی در اظهارنامه تسلیمی، هزینه رسیدگی تعلق می‌گیرد كه مؤدی مكلف به پرداخت آن خواهد بود.

ماده 248 -رأی هیأت حل اختلاف مالیاتی بایستی متضمن اظهارنظر موجه و مدلل نسبت به اعتراض مؤدی بوده و در صورت اتخاذ تصمیم به تعدیل درآمد مشمول مالیات، جهات و دلایل آن توسط هیأت در متن رأی قید شود.

ماده 249 - هیأت‌های حل اختلاف مالیاتی مكلف‌اند مأخذ مورد محاسبات مالیات را در متن رأی قید و در صورتی كه در محاسبه اشتباهی كرده باشند، با درخواست مؤدی یا ادارة امور مالیاتی مربوط به موضوع رسیدگی و رأی را اصلاح كنند.

ماده 250 - در مواردی كه هیأت حل اختلاف مالیاتی برگ تشخیص مالیات را رد یا این كه تشخیص ادارة امور مالیاتی را تعدیل نماید مكلف است نسخه‌ای از رأی خود را به انضمام رونوشت برگ تشخیص مالیات جهت رسیدگی نزد دادستان انتظامی مالیاتی ارسال كند تا در صورت احراز تخلف نسبت به تعقیب متخلف اقدام نماید.

ماده 251 - مؤدی یا ادارة امور مالیاتی می‌توانند ظرف یك ماه از تاریخ ابلاغ رأی قطعی هیأت حل اختلاف مالیاتی، به استناد عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، با اعلام دلایل كافی به شورای عالی مالیاتی شكایت و نقض رأی و تجدید رسیدگی را درخواست كنند.

ماده 251 مکرر -در مورد مالیات‌های قطعی موضوع این قانون و مالیات‌های غیر مستقیم كه در مرجع دیگری قابل طرح نباشد و به ادعای غیرعادلانه بودن مالیات مستنداً به مدارك و دلایل كافی از طرف مؤدی شكایت و تقاضای تجدید رسیدگی شود وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌تواند پروندة امر را به هیأتی مركب از سه نفر به انتخاب خود جهت رسیدگی ارجاع نماید. رأی هیأت به اكثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا می‌باشد. حكم این ماده نسبت به عملكرد سنوات ۱۳۶۸ تا تاریخ تصویب این اصلاحیه نیز جاری خواهد بود.